一、綜合所得稅：
1、所得稅法第 16 條：按前兩條規定計算個人綜合所得總額時，如納稅義務人及其配偶經營兩個以上之營利事業，其中有虧損者，得將核定之虧損就核定之營利所得中減除，以其餘額為所得額。前項減除，以所營營利事業均係使用本法第七十七條所稱「藍色申報書」申報者為限；但納稅義務人未依期限申報綜合所得稅者，不得適用。
1-1、實務上少用，因需具備藍色申報書之申報書為限。一般獨資合夥營利事業很難符合資格。
2、特例：依所得稅法第17條第一項第三款第一目：1.財產交易損失：納稅義務人、配偶及受扶養親屬財產交易損失，其每年度扣除額，以不超過當年度申報之財產交易之所得為限；當年度無財產交易所得可資扣除，或扣除不足者，得以以後三年度之財產交易所得扣除之。財產交易損失之計算，準用第十四條第一項第七類關於計算財產交易增益之規定。(舊制)
3、特例：證券交易所得及損失：第 4-1 條自中華民國七十九年一月一日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。
3-1、所得基本稅額條例：
第 7 條營利事業之基本所得額，為依所得稅法規定計算之課稅所得額，加計下列各款所得額後之合計數：一、依所得稅法第四條之一及第四條之二規定停止課徵所得稅之所得額。二、依廢止前促進產業升級條例第九條、第九條之二、第十條、第十五條及第七十條之一規定免徵營利事業所得稅之所得額。三、依已廢止之促進產業升級條例於中華民國八十八年十二月三十一日修正施行前第八條之一規定免徵營利事業所得稅之所得額。四、依獎勵民間參與交通建設條例第二十八條規定免納營利事業所得稅之所得額。五、依促進民間參與公共建設法第三十六條規定免納營利事業所得稅之所得額。六、依科學工業園區設置管理條例第十八條規定免徵營利事業所得稅之所得額。七、依中華民國九十年一月二十日修正施行前科學工業園區設置管理條例第十五條規定免徵營利事業所得稅之所得額。八、依企業併購法第三十七條規定免徵營利事業所得稅之所得額。九、依國際金融業務條例第十三條規定免徵營利事業所得稅之所得額。但不包括依所得稅法第七十三條之一規定，就其授信收入總額按規定之扣繳率申報納稅之所得額。十、本條例施行後法律新增之減免營利事業所得稅之所得額及不計入所得課稅之所得額，經財政部公告者。依前項第一款及第九款規定加計之所得額，於本條例施行後發生並經稽徵機關核定之損失，得自發生年度之次年度起五年內，從當年度各該款所得中減除。營利事業於一百零二年度以後出售其持有滿三年以上屬所得稅法第四條之一規定之股票者，於計算其當年度證券交易所得時，減除其當年度出售該持有滿三年以上股票之交易損失，餘額為正者，以餘額半數計入當年度證券交易所得；餘額為負者，依前項規定辦理。依第一項第十款規定加計之減免所得額及不計入所得之所得額，其發生之損失，經財政部公告者，準用第二項規定。
二、營利事業所得稅：
1、原則：不得盈虧互抵、例外：符合所得稅法第39條四大要件才可以。
所得稅法第39條：以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。本法中華民國九十八年一月六日修正之條文施行前，符合前項但書規定之公司組織營利事業，經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完畢者，於修正施行後，適用修正後之規定。
2、特例：合併存續公司可否利用被合併公司以往年度虧損而適用所得稅法第39條盈虧互抵之規定?可，依企業併購法第43條：
第 43 條公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第七十七條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前，依所得稅法第三十九條規定得扣除各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起十年內從當年度純益額中扣除。公司與外國公司合併者，合併後存續或新設之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司，得依前項規定扣除各參與合併之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司合併前尚未扣除之虧損額。
