我國目前營業稅課徵，主要以加值型營業稅為主，採用稅基相減法，乃將同一期間之銷售淨額減除進貨淨額，以其差額乘以稅率計算加值稅負，目前營業稅稅率為5%。
公司需於單月份的15日以前，依規定格式向國稅局申報前二個月的營業稅，如果有應納稅額，還必須繳完稅款，申報手續才算完成。（即使未開立任何發票，仍必須申報）
營業人辦理仲介不動產買賣，委託人為營業人會主動要求受託之仲介業者開立發票；但委託人為個人因未索取發票，受託仲介業者漏開發票短漏報銷售額。
依本法營業人開立銷售憑證時限表規定，以收款時為開立統一發票時限者，其收受之支票，得於票載日開立統一發票(統一發票使用辦法第16條)。如嗣後收受之支票不獲兑現，得檢附證明將原開發票作廢，俟實際因票據債務實務受清償時再行開立(財政部89/03/17台財稅字第890451116號函)(勞務業皆有此情況)
房仲業常見之稅務爭議，國稅局會不定期發布相關新聞稿來宣導納稅人，以下為房仲業營業稅之相關新聞稿：
1.房屋仲介公司仲介買賣不動產，仲介服務費應依法開立統一發票
房屋仲介公司仲介買賣不動產，所收取仲介服務費應依法開立統一發票。目前查獲某房仲公司，仲介某個人購買房屋，並按買賣合約定收取仲介服務費。為該房屋仲介公司以個人購屋無須取得統一發票以扣抵銷項稅額，或若索取統一發票則須額外加收5%營業稅為主由，未主動依規定開立統一發票予該個人，經查獲，除依規定補稅外並裁處罰鍰。
2.營業人仲介土地買賣所取得之佣金收入，應依法開立發票申報銷售額
營業人出售土地免徵營業稅並得免開立統一發票，惟仲介土地買賣業務屬銷售勞務，應以取得之介紹佣金為銷售額開立發票。
新興地區土地開發案時，發現某房仲公司介紹買賣雙方成交一筆土地交易，嗣後收取仲佽之佣金收入260萬，惟該仲介公司並未開立發票申報銷售額，涉及逃漏營業稅及營利事業所得稅，經查獲，除依規定補稅外並裁處罰鍰。
3.營業人取得國外公司給付之仲介佣金，無零稅率之適用，仍應報繳營業稅
國人投資不動產熱潮延燒至海外，投資標的遍布全球，交易規模擴大，搶食海外房產大餅的銷售業者也與日郋增，而從事海外不動產銷售仲介業務之營業人，其取得國外不動產公司給付之仲介佣金，非屬與外銷有關之勞務收入，無零稅率之適用。
因些營業人經營國外不動產銷售仲介業務，應以其佣金收入為銷售額報繳營業稅。
舉例說明，甲公司從事海外不動產仲介業務，海外乙委託甲公司介紹客戶購買當地不動產、舉辦說明會並依其介紹不動產之買賣金額給付報酬。經查核發現甲公司僅申報向國內投資人收取之手續費及代管服務費收入，並依規定申報營業稅；另其向國外乙公司收取之仲介佣金，則未報繳營業稅亦漏未申報佣金收入，自設立登記以來，依其查得資料核認甲公司收取乙仲介佣金折合新台幣225萬，除補徵營業稅及處罰鍰外，連同營利事業所得稅一併補稅處罰。
- 房仲業主要銷售勞務賺取佣金，依法需開立統一發票，而營業稅申報規定，只有取得可以扣抵的進項發票才能拿來抵減營業稅，而房仲業來說，人工薪資成本是最大的支出項目，薪資支出因為沒有營業稅額，故房屋業幾乎都會繳到營業稅。
- 再談談國稅局營業稅查核方式，現在國稅局查稅方式，巳由人工查核漸漸走向電腦選案查核，從納稅人申報之資料中交查選出，逃漏稅捐之可能巳逐年降低，營業人不得不慎。而營業稅選案方式，可能有以下方式：
- 委託人檢舉：公司收了佣金，卻沒有開立發票，被委託人檢舉。（需舉證）
- 電腦交查異常：進項稅額已扣抵而銷項漏未申報的三聯式發票、統一發票中獎而銷項漏未申報的二聯式發票、申報扣抵虛設行號的進項發票以及留抵稅額偏高等情形。
- 刷卡交易：國稅局經常不定期調閱公司受理刷卡的請款資料，再要求公司提供同期間的銷貨發票記錄，藉此發現短、漏開（報）發票的情形。
- 國稅局人員實地訪查：稅務人員預告（事先發公文）或不預告，登門拜訪，先要求查看近期的房屋成交資料，接著索取相同期間的發票開立記錄。如果出現成交資料筆數或金額比發票開立記錄多的情形，便有可能是短、漏開發票了。（經紀業開立發票的時限：按約定應收佣金、手續費、報酬金時為限。）
- 特殊選案查核：由營業稅專責查緝逃、漏的部門主動發起，會先挑選行業別，再針對營收申報金額相較於經營規模明顯偏低的個案，進行查核。以下為相關新聞：
北區國稅局預售屋查稅 盯上近年大型建案 2020-12-23 10:57 經濟日報 / 記者徐碧華／即時報導
北區國稅局的不動產專案查稅小組不只查今年的紅單和預售屋交易，也針對轄區內近幾年的大型建案，向建商索取預售屋交易資料。官員表示：「我們查到後，會先發輔導函，給納稅人補稅免罰的機會。」 核課期有五年，官員說，核課期內的大型建案都是查核目標。
預售屋交易必須向建商申請權利的轉讓，因此，建商都有資料。「我們倒不是一年一年往前查核，而是一個建案一個建案查。」一個建案通常會橫跨兩、三年的時間。 北區國稅局的轄區很大，包括新北市、桃園市、新竹市、新竹縣、基隆市、宜蘭縣、花蓮縣、金門縣、連江縣。
官員指出，北區國稅局也參與內政部組成的聯合稽查小組，已經進行過兩波查核，「那是針對今年將推出或進行中的建案」。紅單或預售屋交易的所得屬於財產交易所得，今年的交易是明年5月申報個人綜合所得稅時併入綜合所得申報，所以今年的交易只是收集資料而已，還不到查稅階段，但是去年以前的交易，那就是查稅了。
官員說：「查到後，我們會先發輔導函。」通知納稅人國稅局知道他有這一件預售屋交易，請納稅人來補申報。 官員指出，過去幾年有預售屋交易的，民眾要保存好轉讓契約書、收付價金、取得權利支付的必要成本及費用等相關證明文件，保障自己的權利。
- 依稅法規定，仲介業者於收取服務費時，必須開立統一發票。而在實務的查核案例中，國稅局查獲短、漏開發票所運用的技巧大約有以下幾種：
- 與薪資資料比較：
- 從業務員的薪資計算方法反推，理論上可以追出成交的案件金額，再拿來跟發票開立內容比對，便有可能發現短、漏開發票的情形。
- 估計員工每人「合理的」案件成交數，來推算公司全年成交案件數量。
- 比較廣告案件數：從公司全年刊登的銷售廣告戶數估算「合理的」案件成交數，理論上亦可以發現異常。
- 由佣金支出反查成交案件：
- .從支付公司個人的佣金扣繳支出（外部人士或是公司內的高專人員），反查成交案件，如果有佣金支出卻沒有相對應的銷貨發票，便是漏開發票。
- 從帳列的佣金支出發票（同業所開立的），亦可反查成交案件，其情形與上述支付個人佣金之情形相同。
- 核對買賣合約或成交記錄：有買賣合約或成交記錄而沒有開立發票的（發票只開給買方或賣方一邊的也一樣），或是發票開立金額低於合約的，都會被認定是漏開或短開。
- 履約保證的案件：多數加盟的仲介系統都有「履約保證」的制度設計。但在提供買賣雙方較優質交易安全保證的同時，卻也特別留下了交易事實的證明。稅務機關如果從「履約保證」的相關帳戶切入查核，也可能會因而找出短、漏開發票的事證。